Miklós István, ELTE, Növényrendszertani és Ökológiai Tanszék

Beszúrás-törlés modellek a bioinformatikában

A biológiai szekvenciák leggyakoribb mutációi a beszúrások, törlések és szubsztitúciók. A szubsztitúciók modellezése az elmúlt 35 évben meglehetõsen sikeres volt, ezzel szemben a beszúrások és törlések modellezése sokkal nehezebb feladat, és csak az elmúlt pár évben születtek komolyabb sikerek.
Az elõadás elsõ fele áttekintést nyújt a bioinformatikában használt beszúrás-törlés modellekröl, ezen belül is az általunk kifeljesztett hosszú beszúrásokat és törléseket is megengedõ modellrõl. Az elõadás második felében arról lesz szó, hogy milyen algoritmuselméleti és statisztikai problémákkal találkozunk a modellek továbbfejlesztése során.

• Csürös, M. & Miklós, I. (2005) Statistical alignment of retropseudogenes and their functional paralogs. Mol. Biol. Evol., accepted.
• Lunter, G.A., Miklós, I., Drummond, A., Jensen, J.L., & Hein, J. (2005) Bayesian Coestimation of Phylogeny and Sequence Alignment BMC Bioinformatics, 6:83.
• Miklós, I., Lunter, G. A. & Holmes, I. (2004) A 'long indel' model for evolutionary sequence alignment. Mol. Biol. Evol., 21(3):529-540.
• Lunter, G.A., Drummond, A., Miklós, I., & Hein, J. (2004) Statistical aligment: recent progress, new applications and challenges In: Nielsen, R. (ed): Statistical methods in molecular evolution Springer-Verlag, New-York.

Időpont: szept. 20. kedd 16:15 Helye: BME, I épület E szárny 213.

fõoldal